우주를 침략하는 우주 벌레들을 물리치고 지구를 지키기 위해 스페이스 가디언이 돌아온다! NSSA를 이끄는 마크 길슨 국장은 딜런, 제임스, 레이첼, 윈슨, 찰리, 존까지 능력이 뛰어난 6명을 뽑아 ‘스페이스 가디언 팀’을 조직해 우주 벌레와 맞서 싸우게 한다. 한편, 한때 NSSA에 몸담고 있던 엘비스는 동료인 래티와 함께 무인 우주선 RCV를 개발하던 중 갈등을 일으킨 뒤,NSSA를 떠난다. 그 후 독자적으로 비밀리에 스페이스 가디언 팀을 지휘하던 엘비스는 래티가 복수를 꿈꾸며 계략을 꾸미자 다시 NSSA로 들어가 마크 길슨 국장에게 힘을 보탠다. 복수에 눈이 멀어 버린 래티는 결국 동료들을 배신하고 우주 벌레에게 투항한 뒤 스페이스 가디언 팀에 맞서 싸우게 되는데...