포켓몬 VS 복제 포켓몬, 사상 초유의 대결이 펼쳐진다! 최고의 포켓몬 트레이너만을 초대하는 의문의 카드를 받게 된 지우와 친구들은 거센 폭풍우를 뚫고 포켓몬성으로 향한다. 하지만 그곳에서 그들을 기다리는 건, 인간에 대한 역습을 선언한 강력한 전설의 포켓몬 뮤츠. 뮤츠는 복제 포켓몬을 만들어 포켓몬 트레이너들에게 공격을 시작하고, 때마침 나타난 환상의 포켓몬 뮤와 함께 지우와 친구들은 운명을 건 피할 수 없는 대결을 시작하는데...